วรรณีเป็นบุตรคนที่สี่จากทั้งหมดเจ็ดคนของพลตำรวจโท ฉัตร หนุนภักดี กับประยงค์ (สกุลเดิม: วิชิตกลชัย) มีพี่น้อง ได้แก่ ประยงค์ฉัตร ผุดผาด, พยอม เศรษฐบุตร, พลเอกอิสระพงศ์ หนุนภักดี, ต้อย หนุนภักดี, ณรงค์ศักดิ์ หนุนภักดี และอัครฉัตร หนุนภักดี ตามลำดับ[1] โดยเฉพาะพี่ชายคือพลเอก อิสระพงศ์ หนุนภักดี เป็นอดีตผู้บัญชาการทหารบก และอดีตรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย[2] และเป็นญาติกับพลเอก ชัยณรงค์ หนุนภักดี ลูกพี่น้องคนหนึ่งซึ่งเป็นนายทหารเช่นกัน[3][4] และพลตรี ทวีศักดิ์ หนุนภักดี อดีตผู้บัญชาการหน่วยข่าวกรองทางทหาร[5]

ในวัยเยาว์ครอบครัวต้องย้ายไปตามจังหวัดต่าง ๆ เพราะติดตามบิดาที่รับราชการ[6]

วรรณีสมรสกับพลเอก สุจินดา คราประยูร มีบุตรชายด้วยกันสองคน

ปัจจุบันวรรณีเป็นที่ปรึกษากิตติมศักดิ์ของสมาคมแม่บ้านทหารบก[7]